治療痢疾的大原則，初期應該用瀉法排除，久病則應該用溫補，但最重要的是要顧護胃氣。因為各種疾病都以胃氣為根本，對於痢疾來說尤其重要。所以能吃東西的病情較輕，不能吃東西的病情較重，完全不能吃東西的就危險了。可見痢疾的康復非常依賴胃氣。
瀉和痢疾不能混為一談，不能都說是濕熱而用利小便的方式來治療，這是錯誤的。因為淡滲的方法可以利水，讓小便順暢，這樣腹瀉自然會停止。但痢疾是因為濕熱導致腸胃氣機不順，穢濁之物停留在腸道，所以不應該過度使用滲利的藥物，以免損傷陽氣，耗竭津液。這等於是病往下降，藥物又往下降，會讓病情加重。
治療腹瀉和痢疾的原則不同。腹瀉可以用收澀的方法來止瀉，所以古人會用粟殼、訶子來止住滑瀉。但痢疾本身是濕熱阻滯，應該用疏通的方法，最忌諱用收澀的方法。大腸是肺的腑，如果大腸有濕熱留滯，肺部也會有鬱積不清的問題。古人會用藥來疏通肺氣，因為肺氣喜歡通暢。如果誤用收澀的藥物，濕熱就無法宣洩，肺氣也無法下行，不僅痢疾會加重，還可能導致濕熱上熏肺部，造成腹脹、氣逆、失眠、食慾不振等問題。
古人治療痢疾，大多使用下墜的藥物，認為是「通因通用」，方法不能說不好，但有效的情況只有一半，另一半效果不佳。效果不佳的情況常常纏綿難癒，甚至出現嘔吐、食不下等敗證。仔細思考後，我發現了一個盲點：火性是往上的，為何會跑到腸道變成痢疾？原因是因為體內積熱，或是被風寒、生冷食物所阻礙，導致火氣無法正常疏散，被逼迫向下。如果醫生又使用下墜的藥物，只會讓病邪更加下行，痢疾也會更嚴重。
因此，我創制了「治痢散」來治療痢疾初期。方中使用葛根作為主要藥物，可以鼓舞胃氣上升；陳茶、苦參作為輔助藥物，可以清除濕熱；麥芽、山楂作為佐藥，可以消除積食；赤芍、廣皮作為使藥，可以活血化瘀，讓膿血自癒，調理氣機，消除裡急後重的感覺。如果腹脹嚴重，按壓會不舒服，表示有宿食，可以再搭配樸黃丸來幫助排泄。如果久病導致脾虛，食慾不佳，腹瀉頻繁，可以使用五味異功散，並加入白芍、木香、黃連來清熱補益。
如果氣虛下陷，可以用補中益氣湯來提升陽氣；如果邪熱穢氣阻滯胃部，導致嘔吐食不下，可以用開噤散來開啟食慾；如果久病變成虛寒體質，出現手腳冰冷、脈搏微弱、消化不良等情況，可以用附子理中湯加肉桂來溫補。
痢疾這個病，大多和脾腎有關。脾負責運化水穀，是萬物之母；腎負責儲藏精氣，是萬物之源。這兩個臟腑都是根本，治療效果不好，會很麻煩。探究原因，都是因為寒熱不明、虛實不辨。近代的醫生就不用說了，即使是古代的醫生，也各有偏頗。例如《局方》和復庵喜歡用辛熱的藥物；河間和丹溪專用苦寒的藥物。為何如此固執偏頗，差異如此之大呢？痢疾大多發生在夏秋季節，濕熱鬱結，這是天候的因素。如果因為天熱而過食生冷，那就是人為的因素了。體質強健的人，因為天候而生病，大多是鬱熱；體質虛弱的人，因為人為因素生病，大多是陰寒。
濕土的性質在四季都存在，如果偏於火，就會導致陽土過剩，產生濕熱的病症，就像《內經》說的「敦阜」。如果偏於水，就會導致陰土不足，產生寒濕的病症，就像《內經》說的「卑監」。只談論熱而忽略寒，或者只談論寒而忽略熱，都是不全面的。至於說紅色的痢疾就是熱證，白色的痢疾就是寒證，也不是確切的說法。如果真是這樣，那紅白色兼有的痢疾，難道是寒熱同時發生嗎？一定要根據病人的症狀、顏色、脈象來判斷，才能區分寒熱。